A dunai vízi utak is Pest megye területén vezetnek át, a metropolisz térséget ellátó teherkikötő Budapest területén található, de emellett a megye déli részén fekvő települések a Dunaújvárosi teherkikötőből is könnyen és gyorsan elérhetők. Ezek a teherkikötők rengeteg logisztikai szolgáltatást is nyújtanak, helyben történő raktározást illetve könnyű átrakodást biztosítva más áruszállítási módokra.